पेगासस स्पाइवेयर ने भारतीय सुरक्षा बलों और खुफिया एजेंसियों को भी नहीं बख्शा है। रिपोर्ट के अनुसार, पेगासस स्पाइवेयर के संभावित लक्ष्यों की सूची में सुरक्षा बलों और खुफिया एजेंसियों के सेवारत और सेवानिवृत्त अधिकारियों को शामिल किया गया था। 2018 में, सीमा सुरक्षा बल (BSF) के तत्कालीन प्रमुख केके शर्मा पेगासस स्पाइवेयर का संभावित लक्ष्य बन गए।

शर्मा के तीन फोन नंबरों को 2018 में निगरानी के लिए संभावित लक्ष्यों की सूची में शामिल किया गया था, जब उन्होंने आरएसएस से जुड़े संगठन की एक बैठक में भाग लिया था। रिपोर्टस में बताया जा रहा है कि “तथ्य यह है कि लीक हुए रिकॉर्ड में उनके द्वारा उपयोग किए गए तीन फोन नंबर शामिल हैं, जिनमें से दो का उपयोग वह 2018 में अपनी सेवानिवृत्ति के बाद भी करते हैं, यह दर्शाता है कि वह उस समय एनएसओ समूह के भारतीय ग्राहक के लिए बहुत रुचि रखने वाले व्यक्ति थे “।

असम में तैनात एक बीएसएफ कमांडेंट भी कथित तौर पर स्पाइवेयर पेगासस का संभावित लक्ष्य था। उन्होंने बताया है कि "लीक हुए डेटाबेस से यह भी पता चलता है कि बीएसएफ के एक पुलिस महानिरीक्षक, जगदीश मैथानी को शर्मा के रूप में उसी समय निगरानी के लिए संभावित लक्ष्य के रूप में चुना गया था।" पूर्व रॉ (रिसर्च एंड एनालिसिस विंग) अधिकारी - जितेंद्र कुमार ओझा भी संभावित पेगासस लक्ष्यों की सूची में समाप्त हो गए, जब उन्होंने 2018 में केंद्रीय प्रशासनिक न्यायाधिकरण (कैट) में अपनी समयपूर्व 'सेवानिवृत्ति' को चुनौती दी थी।

बता दें कि R&AW भारत की बाहरी जासूसी एजेंसी है। ओझा 2013 और 2015 के बीच दिल्ली में रॉ की अकादमी में भारतीय जासूसों को प्रशिक्षण देने के प्रभारी थे और उन्होंने लंदन में भी काम किया था। लीक हुए डेटा में कम से कम दो भारतीय सेना के अधिकारियों कर्नल मुकुल देव और कर्नल अमित कुमार के फोन नंबर भी शामिल थे, जिन्होंने सेवा से संबंधित मामलों पर सरकार को चुनौती दी थी।

कर्नल मुकुल देव ने कहा कि “मैं सोच सकता हूं कि एकमात्र कारण यह है कि उन्हें शायद यह पसंद नहीं आया कि मैंने लगातार भारतीय सेना के कल्याण के लिए अपनी आवाज उठाई। इस सरकार के तहत, जो भी वास्तविक चिंताएं उठाता है, उसे संदेह की नजर से देखा जाता है ”।